水环境微生物过程研究组，综合微生物生态学、生物地球化学、环境工程等多学科交叉的角度和方法，围绕水生态系统中微生物驱动的氮循环过程与氮污染控制开展工作，重点研究新型生物地球化学循环过程的反应机理与过程效应。其中，完善的分子生物学技术平台和同位素示踪技术等技术方法的开发，是本研究组的特色。

1. 国家自然科学基金项目:干湿交替条件下土壤厌氧氨氧化反应的发生机制与过程效应，2017.01-2020.12，祝贵兵，主持
2. 中国科学院战略先导专项（B）之子课题（中科院）：稻田生态系统关键微生物过程对氮素转化和氮肥利用的影响机制，2014.6-2019.5，祝贵兵，主持
3. 国家水体污染控制与治理科技重大专项课题：巢湖市水源优化与水质保障技术研究与示范，2014.1-2017.12，王为东，主持
4. 国家自然科学基金资助项目：构筑根孔湿地土壤氧化还原形态特征的形成机制及其与污染净化的关系，2013.1-2016.12，王为东，主持
5. 国家水体污染控制与治理科技重大专项子课题：嘉兴新塍塘水源地河道治理技术及饮用水源生态湿地优化运行技术研究与示范，2012.1-2016.12，王为东，主持
6. 国家自然科学基金优秀青年科学基金：氮污染物迁移转化与环境效应，2013.1-2016.12，祝贵兵，主持
7. 国家自然科学基金项目（面上项目）：陆地生物圈底部厌氧氨氧化反应的规律性分布与过程效应，2013.1-2016.12，，祝贵兵，主持
8. 国家自然科学基金项目（面上项目）：河流岸边带厌氧氨氧化反应的热区分布与过程效应，2011.1-2013.12，祝贵兵，主持
9. 国家自然科学基金项目（面上项目）：规模性厌氧氨氧化在湿地系统中的发生与作用机制，2009.1-2011.12，祝贵兵，主持
10. 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室连续滚动支持项目（科技部）：海河流域典型水路交错带厌氧氨氧化反应的机制、通量和模型研究，2014.4-2016.3，祝贵兵，主持
11. “十二五”农村领域国家科技支撑计划课题之任务：北方寒冷缺水型村镇环境问题诊断、评估体系研究，2012.1-2015.12，祝贵兵，主持
12. 环境水质学国家重点实验室自主研究课题：厌氧氨氧化反应在陆地垂向尺度的热区分布与环境效应，2012.7-2014.7，祝贵兵，主持
13. 环境水质学国家重点实验室青年人才自由探索课题：自然湿地系统氮素新型迁移转化机制与过程效应研究，2008.12-2010.12，祝贵兵，主持
14. 中国科学院人才项目--中国科学院青年创新促进会，2014.1-2017.12，祝贵兵，主持
15. 中科院知识创新工程青年人才领域前沿项目（中科院生态环境研究中心青年人才专项基金共同资助）：湿地厌氧氨氧化反应的发生与调控机制，2007.8-2009.7，祝贵兵，主持
16. 国家自然科学基金重点项目之专题：水生植物调查与生境分析，2007.1-2010.12，王为东，主持
17. 国家自然科学基金资助项目：岸边湿地N2O生成、排放的微生物学和酶学机制研究，2008.11-2010.12，王为东，主持
18. 国家重点基础研究发展计划（973）课题之专题：湿地水文调节功能变化及其区域效应，2009.1-2013.8，王为东，主持
19. 国家水体污染控制与治理科技重大专项子课题：平原河网重污染源水生物－生态修复技术集成与示范，2008.9-2010.12，王为东，主持
20. 国家水体污染控制与治理科技重大专项课题任务：苕溪上游河口与滨岸带营养物质生态拦截技术研究与示范，2008.9-2010.12，王为东，主持

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